As indústrias e usinas vêem lançando, nas baías e nos rios, um grande número de produtos tóxicos, como metais pesados, pesticidas (usados na agricultura), detergentes, petróleo etc. Estes produtos não biodegradáveis, isto é, não podem ser decompostos pelos organismos, ou então são lentamente decompostos. Por isso acumula-se nos corpos dos seres vivos, causando doenças aos organismos, que vivem na água, destruindo as formas de vida aquática e passando, através da cadeia alimentar, para o próprio homem.
Os detergentes não biodegradáveis, por exemplo, diminuem a capacidade de oxigenação da água e envenenam várias formas de vida aquática. Além disso, podem infiltrar-se no solo e contaminar as águas subterrâneas que o homem utiliza para beber, para preparar alimentos etc.
Neste caso, os detergentes acabam por atingir diretamente o homem, destruindo sua flora intestinal e causando outros problemas ao seu organismo. Este foi o motivo pelo qual a fabricação de detergentes não biodegradáveis foi proibida no Brasil e em outras partes do mundo.
Convém lembrar, que um excesso de detergentes biodegradável também causa problemas; além da eutrofização, eles são tóxicos para os peixes, podendo destruir também bactérias responsáveis pela decomposição de material orgânico.
Metais pesados como o chumbo, mercúrio, etc, também são muito perigosos. Um trágico episódio ocorreu no Japão em 1953, quando uma indústria lançou na baía de Minamata resíduos de mercúrio, usados com catalizador. Os peixes e moluscos foram contaminados e o mercúrio passou para a população que se alimentava desses animais, depositando-se principalmente no sistema nervoso das pessoas. Cerca de 120 indivíduos foram acometidos de paralisias, distúrbios visuais e lesões cerebrais e quatro, vieram a falecer.
Também na zona rural pode ocorrer contaminação de rios, quando são lançados dejetos animais, como estrume e esterco, que produzem GÁS SULFÍDRICO (H2S) e AMÔNIA (NH3) muito tóxica para a vida aquática.
Finalmente, calcula-se que cerca de 4 milhões de toneladas de petróleo sejam lançados anualmente nos oceanos, devido principalmente a acidentes com petroleiros e oleodutos, bem como as lavagens de seus tanques e a exploração de poços marítimos de combustível. O petróleo forma uma fina camada na superfície da água, impedindo a troca de gases necessários à fotossíntese e à respiração dos seres vivos.